Видео: Что такое индексный файл BAM?
2024 Автор: Lynn Donovan | [email protected]. Последнее изменение: 2023-12-15 23:52
А BAM файл (. бац ) является двоичной версией SAM файл . ЗРК файл (. sam) - текст, разделенный табуляцией файл который содержит данные о выравнивании последовательностей. Индексирование : IGV требует, чтобы и SAM, и Файлы BAM быть отсортированным по позиции и проиндексирован , и что индексные файлы следуйте определенному соглашению об именах.
Точно так же люди спрашивают, как открыть файл BAM?
От Файл меню выбрать Открытым и выберите Файлы BAM с левой стороны. Нажмите кнопку справа с надписью Добавить BAM файл . Перейдите к БАМ Тестовое задание Файлы папку, которую вы скачали, выберите with_index_with_graph. Нажмите Открытым , выберите карту.
Во-вторых, как преобразовать файл BAM в Fastq? Ниже приведены шаги для преобразования файла BAM в формат FASTQ. Это будет работать в Linux и потребует SAMTOOLS и BEDTOOLS.
- Загрузите SAMTOOLS.
- Распакуйте с помощью команды tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Будет создана папка с именем samtools-version.
- Перейдите в каталог cd samtools-version.
Аналогичным образом, как преобразовать файл BAM в файл SAM?
К конвертировать SAM к БАМ , мы используем команду samtools view. Мы должны указать, что наш ввод находится в Формат SAM (по умолчанию ожидает БАМ ) с помощью опции -S. Мы также должны сказать, что хотим, чтобы результат был БАМ (по умолчанию производит БАМ ) с параметром -b.
Что делает представление Samtools?
Samtools представляет собой набор утилит, управляющих выравниванием в формате BAM. Он импортирует и экспортирует в формат SAM (Sequence Alignment / Map), делает сортировка, объединение и индексация, а также позволяет быстро извлекать чтения в любых регионах. Samtools предназначен для работы с потоком.
Рекомендуемые:
Что такое w3c, что такое Whatwg?
Рабочая группа по технологиям веб-гипертекстовых приложений (WHATWG) - это сообщество людей, заинтересованных в развитии HTML и связанных с ним технологий. WHATWG была основана в 2004 году представителями Apple Inc., Mozilla Foundation и Opera Software, ведущих поставщиков веб-браузеров
Как мне создать индексный скрипт в SQL Server?
Оператор SQL Server CREATE INDEX Сначала укажите имя индекса после предложения CREATE NONCLUSTERED INDEX. Обратите внимание, что ключевое слово NONCLUSTERED необязательно. Во-вторых, укажите имя таблицы, для которой вы хотите создать индекс, и список столбцов этой таблицы в качестве ключевых столбцов индекса
Что такое процесс в операционной системе, что такое поток в операционной системе?
Проще говоря, процесс - это исполняемая программа. Один или несколько потоков выполняются в контексте процесса. Поток - это основная единица, которой операционная система выделяет время процессора. Пул потоков в основном используется для уменьшения количества потоков приложений и обеспечения управления рабочими потоками
Что такое персональный компьютер Что такое аббревиатура?
ПК - это аббревиатура персонального компьютера
Что такое файл транзакции и мастер-файл?
Определение: файл транзакции. файл транзакции. Коллекция записей транзакций. Файлы транзакции данных используются для обновления мастер-файлов, которые содержат данные о субъектах организации (клиентах, сотрудниках, поставщиках и т. Д.)